高分子质量的DNA分子(kb)很容易被机械剪切力所打断。常规抽提和浓缩DNA的方法(如用有机溶剂进行抽提，用乙醇或丁醇进行沉淀)一般得到长度小于kb的分子。

即使是短至50kb(入噬菌体基因组的长度)的线状DNA分子，也可以被过分快速、长时间的吸取和剧烈振荡所打断。线状双链DNA在水溶液中是以随机卷曲的形式存在的，由于碱基间的相互作用和带有负电荷磷酸基团的静电排斥作用(这些磷酸基团均匀分布在DNA双链骨架上)而变得十分黏稠。

由于长DNA分子的刚性使得其对机械剪切力十分脆弱，容易造成双链的断裂，而这种断裂最常发生在伸张分子的中部。

有以下几种情况将产生足够强的速度梯度使DNA发生机械性剪切：当DNA溶液进行涡旋振荡或剧烈摇晃时；当DNA溶液被吸入或吸出吸管时：当长DNA分子在乙醇沉淀后进行溶解时。

在转移过程中，降低DNA损伤的方法之一是将溶液从一个容器中倾倒入另一个容器。但这种方法并非总是有效，只是一种最有利情况下的冒险行动。因为高分子质量DNA溶液十分黏稠，倾倒时总是以一大团的形式运动而不是很好控制的细流状。

宽口吸管提供了一个更为安全的方法。这类吸管可从商业渠道购买，或根据需要可在实验室自行制作：将任意塑料吸管、蓝色移液尖头或巴斯德吸管的尖头端去掉即可制成。

但是，由橡皮球或手动移液设备所提供的微量负压将无法使极黏稠的DNA溶液保留在吸管中，所以最好使用电动移液设备(如PipetteAids)。